در سال 59 آقای سید حسین خمینی که نوه امام بود (فرزند آقا مصطفی) در زمانی که اختلافات بین بنی صدر و شهید رجایی تشدید شده بود آقای سید حسین خمینی می رود در مشهد به نفع بنی صدر سخنرانی می کند مردم به او حمله می آورند می خواستند سید حسین خمینی را بزنند و ایشان که مسلح بوده، سلاح کمری داشته، دست به سلاح کمری اش می برد، بچه های کمیته جلوی او را می گیرند می برندش در یک اتاق دیگر.

از همانجا مسئولین کمیته تماس می گیرند با دفتر امام. پیغام به امام داده می شود که آقای سید حسین خمینی نوه شما در مشهد از بین صدر دفاع کرده مردم به او هجوم آوردند دست به اسلحه برده ما چه کار کنیم. امام به مرحوم آیت الله اشراقی می فرمایند که به مسئولین کمیته مشهد پیغام دهید که سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش برد او را با تیر بزنند.

بله امام می گوید اگر سید حسین خمینی دست به اسلحه برد بچه های کمیته با تیر بزنندش! آقای اشراقی به دفتر می آید و از طریق آقای رحمانی که بعدها نماینده امام در نیروی انتظامی شدند، از طریق ایشان به بچه های کمیته پیغام می دهند. ولی بخش دوم پیام امام را آقای اشراقی نمی دهد و فقط می گوید امام گفته آقای سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود. وقتی ایشان پیش امام بر می گردد امام می پرسد شما دستور من را ابلاغ کردی. ایشان می گوید بله. امام گفت آقای اشراقی کامل ابلاغ کردی؟ آقای اشراقی که نمی توانسته دروغ بگوید می گوید نه حضرت امام من قسمت دومش را نگفتم. امام به آقای اشراقی می فرمایند بر می گردی مجدد تلفن می زنی و هر دو قسمت پیام من را می دهید. سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود اگر دست به سلاحش زد با تیر بزنید.